El órgano decisorio mayor del CCE será la asamblea ordinaria que elegirá la Junta Directiva para cada período. La junta conformada por presidente, secretario, fiscal médico y tesorero tendrá soporte para sus actividades en el administrador, fiscal, contador, y secretaria del Colegio así como en asesores externos entre otros asesor legal, asesor en bioética, asesor en epidemiología clínica e investigación etc.

Con el ánimo de integrar y hacer más eficiente la labor del Colegio se han definido 6 comités con funciones específicas que se desarrollarán en conjunto y bajo la supervisión de la junta directiva. Dichos comités serán: comité gremial, comité científico, comité de ética y calidad, comité de codificación y reembolso, comité de admisiones y acreditación, y comité de profesionales asociados. Las características y funciones de dichos comités se desarrollan a continuación. Las funciones de los miembros de la junta continúan como fueron descritas en los estatutos.

El objetivo común de los comités es gestionar micro agendas de relación específica con su naturaleza. El coordinador y grupo designado serán responsables de gestionar eficiente y oportunamente los puntos de una agenda a la que se realizará seguimiento bimestral mediante reporte a la Junta Directiva.